从相关到因果，4000人遗传-菌群分析结果震撼发表 | 热心肠日报
今天是第1499期日报。
Nature子刊：遗传与肠道菌群特征的新关联
Nature Microbiology[IF:14.3]
① 对3个欧洲队列共约4千人数据进行荟萃分析，鉴定遗传（SNP）与肠道菌分类群的关联；② 瘤胃球菌属与9号染色体RAPGEF1基因附近的rs150018970相关，粪球菌属与1号染色体LINC01787基因内的rs561177583相关；③ 另有11个高证据强度的关联，并确认了此前研究报道过的双歧杆菌属与rs4988235（MCM6/LCT）的关联；④ 这14个SNP中有10个与人体表型相关（月经初潮年龄和心血管代谢特征等）；⑤ 用孟德尔随机化分析了这些肠菌与疾病间的潜在因果性。
Genome-wide associations of human gut microbiome variation and implications for causal inference analyses
06-22, doi: 10.1038/s41564-020-0743-8
【主编评语】遗传是影响微生物组的因素之一，但目前人们对这一领域的认识仍很有限。《Nature Microbiology》发表的一项最新研究，1个比利时队列和2个德国队列中进行了微生物组全基因组关联分析，鉴定出多个菌群与宿主遗传之间的新关联，并用孟德尔随机化方法分析了特定肠道菌与疾病表型的潜在因果关系，推荐专业人士关注。（@mildbreeze）
Nature子刊：抗TNF疗法“修正”菌群预防大肠癌
Nature Cancer[IF:N/A]
① 在定植了产colibactin的促癌大肠杆菌的两种结直肠癌（CRC）小鼠模型中，靶向炎症的抗肿瘤坏死因子（TNF）治疗可抑制结肠炎，减少CRC发生；② 肠道菌群的组成结构和基因活性，随着疾病进展而发生显著改变，例如丹毒丝菌科随癌变而增加，这些变化可被抗TNF治疗抑制，多个功能通路的变化情况在接受抗TNF治疗的IBD患者中也存在；③ 小鼠的同笼饲养和粪菌移植实验表明，抗TNF疗法通过修正菌群，减少其致癌性，来抑制CRC进展。
Amending microbiota by targeting intestinal inflammation with TNF blockade attenuates development of colorectal cancer
06-15, doi: 10.1038/s43018-020-0078-7
【主编评语】炎症性肠病可增加结直肠癌风险，靶向炎症的抗肿瘤坏死因子（TNF）疗法可治疗结肠炎，在一些研究中也显示出减少结直肠癌（CRC）风险的作用。《Nature Cancer》发表的一项最新研究，在小鼠模型中表明，抗TNF疗法能通过“修正”菌群在结肠炎相关的癌变过程中的变化，使其恢复到非致癌的状态，发挥预防CRC的作用。这些发现再次证实，肠道菌群与CRC的发生发展存在着双向的相互作用，而通过抑制免疫炎症来修正菌群的组成和功能状态，可以减缓甚至预防CRC。（@mildbreeze）
浙江大学李兰娟团队：绘制COVID-19和H1N1流感病毒患者的肠道菌群变化图谱
Clinical Infectious Diseases[IF:9.055]
① 对30位COVID-19、24位H1N1患者和30位匹配的健康对照（HC）进行肠道菌群分析；② 与HC相比，COVID-19患者的粪便菌群多样性显著降低，机会致病菌（如链球菌、罗斯氏菌属、韦荣氏球菌属）的丰度显著升高，而有益共生菌较低；③ 鉴定出5种细菌的生物标志物可用于区分COVID-19和HC，准确率较高；④ H1N1患者的菌群多样性比COVID-19要低，菌群组成不同，可用7种细菌的生物标志物对两组进行区分；⑤ COVID-19和H1N1的肠道菌群变化与临床指标有相关性。
Alterations of the Gut Microbiota in Patients with COVID-19 or H1N1 Influenza
06-04, doi: 10.1093/cid/ciaa709
【主编评语】浙江大学李兰娟院士团队在《Clinical Infectious Diseases》发表文章，在中国人群中鉴定出COVID-19、H1N1流感病毒患者和健康对照的特异性粪便菌群特征，为肠道菌群干预提供理论基础。（@爱的抉择）
中山一院：新冠肺炎患者的消化道受累情况（综述）
Lancet Gastroenterology & Hepatology[IF:12.856]
① 纳入35项研究，共6686名COVID-19患者；② 消化系统并发症的发生率为4%，消化系统症状的发生率为15%，恶心/呕吐、腹泻或食欲减退为最常见的三大症状，肝功能异常的发生率为19%；③ 重症患者的腹痛及肝功能异常（包括谷丙转氨酶及谷草转氨酶的升高）的发生率显著升高，胃肠道受累患者的危重症风险更高且病程更长；④ 湖北患者的肝功能异常的发生率高于湖北外患者，儿童患者的胃肠道症状发生率与成年患者相似；⑤ 10%的患者仅表现出胃肠道症状。
Manifestations and prognosis of gastrointestinal and liver involvement in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysis
07-01, doi: 10.1016/S2468-1253(20)30126-6
【主编评语】来自中山大学附属第一医院的陈旻湖团队与Ren Mao团队在《Lancet Gastroenterology & Hepatology》上发表的一项荟萃分析结果，对35项研究中的近七千名新冠肺炎患者的数据进行总结，发现消化系统症状的发生率约为15%，而肝功能异常的发生率约为19%。胃肠道受累患者的重症风险更高，而重症患者的腹痛及肝功能异常的发生率更高。（@szx）
华西医院：不应使用胃肠道样本进行新冠病毒感染检测
Gastroenterology[IF:19.233]
① 纳入144名新冠病毒感染确诊患者，收集853份鼻咽拭子、232份痰液样本、195份胃肠道样本（包括粪便样本及肛门拭子），利用rRT-PCR检测新冠病毒RNA；② 在间接对比下（取样时间接近但可能不一致），鼻咽拭子的阳性检测率为56.7%，痰液样本的阳性检测率为50.0%，均显著高于粪便样本的17.2%及肛门拭子的22.6%；③ 在直接对比下（取样时间一致），鼻咽拭子及痰液样本的阳性检测率相似，且均显著高于粪便样本及肛门拭子。
SARS-CoV-2 RNA Detection in Gastrointestinal Sample Displays Poor Performance
05-21, doi: 10.1053/j.gastro.2020.05.084
【主编评语】近期发表的一项荟萃分析结果显示，48.1%的新冠病毒感染者的粪便样本中可检测到新冠病毒的RNA。来自四川大学华西医院的邓凯团队在《Gastroenterology》上发表的一项最新研究，在100多名确诊患者中对比了在不同样本中进行新冠病毒RNA检测的阳性率，发现鼻咽拭子及痰液样本的检测阳性率均显著高于胃肠道样本（包括粪便样本及肛门拭子）。（@szx）
新冠病毒受体ACE2和TMPRSS2在IBD患者肠道中表达的决定因素？
Gastroenterology[IF:19.233]
① 分析138例初治炎症性肠病（IBD）患者和154例对照者（主要是功能性胃肠道疾病）的血液、回肠和结肠粘膜活检样本，发现IBD患者结肠和回肠粘膜的ACE2和TMPRSS2表达失调；② 多变量分析显示，结肠ACE2表达在对照组与年龄有关，在溃疡性结肠炎UC组与活检部位的炎症和E3程度有关，在克罗恩病CD组与内窥镜炎症评分有关；③ 结肠TMPRSS2表达在对照组与hsCRP、吸烟状态有关，在UC组与Mayo亚分数有关；④ 少数B2或B3病变的CD患者的回肠ACE2表达较低。
Age, inflammation and disease location are critical determinants of intestinal expression of SARS-CoV-2 receptor ACE2 and TMPRSS2 in inflammatory bowel disease
05-12, doi: 10.1053/j.gastro.2020.05.030
【主编评语】呼吸道被认为是SARS-CoV-2的主要入口，但与恶心、呕吐、腹泻和粪便中高度持久的病毒颗粒脱落有关的胃肠道感染的报道很多。《Gastroenterology》上发表的文章显示，IBD患者结肠和回肠粘膜中SARS-CoV-2受体ACE2和TMPRSS2基因表达失调，且年龄、炎症和疾病部位是其表达的重要决定因素。这提醒我们活动性IBD可能通过调控受体基因表达促进结肠内病毒颗粒的产生和吸收，而感染和随后的炎症激活可能加剧结肠炎。（@爱的抉择）
中科大朱书：一文读懂NLRP6炎性小体（综述）
Molecular Aspects of Medicine[IF:8.313]
① NLRP6高表达于肠道及肝脏，NLRP6炎性小体的活化驱动IL-1β及IL-18的成熟，并诱导细胞焦亡；② 肠道上皮细胞中，菌群信号及代谢信号作为“信号1”调控NLRP6的表达，菌群组分作为“信号2”结合NLRP6以诱导炎性小体组装及活化；③ 杯状细胞中，TLR配体激活MyD88-ROS通路以激活NLRP6炎性小体；④ 肠道中，NLRP6调节IL-18产生、杯状细胞功能及菌群稳态，并与NLRP9协作防御病毒；⑤ 靶向调节NLRP6的活性或是治疗肠道炎症及肿瘤等疾病的潜在策略。
NLRP6 inflammasome
05-06, doi: 10.1016/j.mam.2020.100859
【主编评语】NLRP6（过去被称为PYPAF5）是Nod样受体家族中的一个新成员，可形成NLRP6炎性小体，参与NF-κB信号通路、MAPK信号通路、IFN信号通路、黏液分泌及抗菌肽产生的调控。来自中国科学技术大学的朱书在《Molecular Aspects of Medicine》上发表的一篇综述文章，详细介绍了NLRP6炎性小体活化的调控机制、NLRP6在肠道细胞及免疫细胞中发挥的功能、NLRP6与NLRP9如何协作调节肠道抗病毒免疫应答，以及靶向NLRP6治疗疾病的可能性。（@szx）
南昌大学第一附属医院：肠道菌群与NLRP3炎性小体互作调控急性胰腺炎
Gut Microbes[IF:7.823]
① 诱导小鼠的AP 36h后，肠道通透性增加且菌群组成失调，大肠杆菌向胰腺的易位增加，肠道NLRP3炎性小体活化增强；② 诱导7天后，随着AP的逐渐缓解，肠道通透性、菌群组成及NLRP3炎性小体活化均趋于恢复正常；③ 抗生素处理或使用无菌小鼠可缓解AP的严重程度，并抑制肠道NLRP3炎性小体的活化及大肠杆菌向胰腺的易位，但通过粪菌移植重新定殖菌群可逆转；④ 敲除NLRP3可缓解AP，并抑制AP诱导的肠道通透性增加、菌群失调及大肠杆菌向胰腺的易位。
The interplay between the gut microbiota and NLRP3 activation affects the severity of acute pancreatitis in mice
06-12, doi: 10.1080/19490976.2020.1770042
【主编评语】肠道菌群失调与急性胰腺炎（AP）的严重程度相关，但背后的机制尚未明确。来自南昌大学第一附属医院的Yin Zhu团队在《Gut Microbes》上发表的一项最新研究，发现在诱导的AP小鼠模型中，AP可导致肠道菌群失调、肠道屏障受损、菌群向胰腺易位增加及肠道NLRP3炎性小体活化增强，而去除菌群（抗生素处理或使用无菌小鼠）或敲除NLRP3，均可缓解AP，并抑制AP诱导的上述表型变化。该研究结果提示，肠道菌群与NLRP3炎性小体的互作在AP的进展中起到重要调控作用。（@szx）
一文读懂：黏蛋白及其与菌群的互作机制（综述）
Annual Review of Biochemistry[IF:26.922]
① 粘蛋白是由长而延伸的棒状粘蛋白结构域构成，这些结构域是由紧密的O-糖基化形成的；② 肠道和肺部受到跨膜粘蛋白和凝胶形成（gel-forming）粘蛋白的保护，前者产生上皮细胞顶端的糖蛋白，后者形成不同形状的黏液；③ 黏液可以形成一层保护层，将大肠和病变肺部的细菌与上皮细胞分隔开来；④ 附着在杯状细胞上的黏液可通过控制的方式分离，从而捕获和清除细菌；⑤ 结肠黏液层中的粘蛋白O-聚糖是共生细菌的附着位点，也是细菌和宿主的营养来源。
Mucins and the Microbiome
04-03, doi: 10.1146/annurev-biochem-011520-105053
【主编评语】《Annual Review of Biochemistry》上发表的一篇综述文章，详细介绍了黏蛋白的复杂分子构成（包括结构域及O-糖基化）、不同类型的黏蛋白（包括分泌型黏蛋白及跨膜黏蛋白）、以及不同黏蛋白在人体各部位的分布情况，重点关注了黏蛋白与菌群的作用机制，并分别讨论了黏蛋白在消化系统（胃、小肠及大肠）及呼吸系统（主要是肺部）中发挥的生理功能。（@szx）
感谢本期日报的创作者：mildbreeze，爱的抉择，szx，梁婷
点击阅读过去10天的日报：
0621 | 营养小专题：增肌/减肥/生酮饮食，都有哪些新进展？
0620 | 手术/生活干预/二甲双胍/膳食纤维？对抗糖尿病哪家强？
0618 | 2篇Nature+1篇NBT，肠脑轴/胆汁酸代谢/菌群重塑又突破
0617 | Cell又双发！菌群怎样影响感染？口腔菌如何加剧肠炎？
0616 | 新疗法+新机制，9项研究追踪炎症性肠病研究新进展
0615 | 哪些饮食和运动方式有助于防癌？迄今最权威指南发布
0614 | 饮食与心血管健康为何息息相关？7项最新研究全景展现
点击阅读原文，查看更多热心肠日报的内容