预委会提交给联大的最终建议性文件，虽然纷乱繁杂，但归纳起来有三个最核心的问题需要解决。即：适用对象、适用原则和主体权利问题。
一、适用对象问题
实际上，自2004年开始讨论BBNJ问题，这就是个令各方十分纠结的难题。BBNJ讨论的目标指向是养护海洋生物多样性，而在《公约》中，除在沿岸国管辖海域从国家所有权责任角度对此有所论及外，在公海海域是开放和自由的，并将捕鱼自由作为公海自由的核心之一。海洋鱼类是海洋生物最重要的组成部分，捕鱼自由原则本质上就与BBNJ的立法宗旨——要对海洋生物资源的获取和利用进行规制相矛盾。在《公约》的法律框架下讨论BBNJ问题自然就陷入了无法调解的悖论困境。
应该说，将海洋生物遗传资源作为BBNJ的适用对象是相当有智慧的想法，因为在《公约》中并没有对海洋遗传资源作出规定，BBNJ协定可以填补空白，这样的定位亦不会与《公约》产生矛盾。但问题在于，遗传资源本身就是海洋生物的衍生物，两者的获取方式没有本质差别，或者说遗传资源的获取依赖于海洋生物捕获，如果海洋生物资源的获取是自由的，又如何能限制和区分对遗传资源的获取呢？其次，海洋生物遍布整个海洋，是流动的，那么又如何知晓遗传物质是从哪里获取的呢？个别提案提出要从获取目的上将商业渔业再区分开来，殊不知，科研自由也是公海自由的核心之一，单纯的海洋生物遗传资源获取从某种程度上更加类似科学研究。问题不但没有解决，反而变得愈来愈复杂。
二、适用原则问题
适用对象不明确必然导致适用原则的混乱。《公约》中规定了航行、飞越、捕鱼、科研、铺设电缆管道、建设人工岛屿和设施6大公海自由原则，同时，又规定对国际海底区域的矿产资源适用人类共同继承财产原则，并对此制定了“区域”专章作出了非常详细的安排，规定国际海底管理局是代表全人类对海底矿产资源行使财产权利的机构。在《公约》中对上述两类原则的适用对象和适用区域是明确的，但是对海洋遗传资源、生物基因资源等非传统资源并没有作出相应的规定，对海洋生物资源的物权属性也没有作出明确规定，但就“捕鱼自由”原则的法理意义来分析，谁捕获谁拥有，实际上是把海洋生物资源作为“无主物”来定位的。强制剥夺、占有和分享物权人已经合法获得的“无主物”是缺乏法理依据的，这也就是BBNJ到底适用什么原则成为非常难以解决的问题的原因之一。
科学家们估计，全球海洋生物总计可能达到100余万种，其中约25万种是人类已知的，其他75多万种人类则知之甚少，这些人类不甚了解的物种大多生活在未被深入考察的深海大洋或者说是国家管辖以外的海域。极端环境下的深海生物基因是近年来引起国际关注的新型资源，深海生物处于独特的物理、化学和生态环境中，体内产生了特殊的活性物质。这些特殊物质是人类未来最大的天然药物和生物催化剂来源，也是研究生命起源及演化最好的科学素材。随着科学的进步与发展，公海惠益会越来越多，但分配也将会愈来愈不均衡。
发达国家为保护自己的传统优势坚持BBNJ应适用公海自由原则，强调有关制度安排不能影响《公约》规定的6大自由，反对BBNJ文件对自由利用海洋遗传资源作出任何调整和改变。发展中国家则恰恰相反，77国集团、非洲集团、小岛屿国家联盟、太平洋岛国、加勒比共同体和内陆发展中国家等形成“惠益共享派”，主张公海海洋生物遗传资源应属于人类共同继承财产，即把公海海洋生物遗传资源像海底矿产资源一样定位为“人类共同继承财产”，以便所有国际法律主体分享，坚持BBNJ管辖海域海洋遗传资源应适用“人类共同继承遗产”原则，进而要求在获取、研究和开发的不同阶段分享惠益，并要求无偿获取包括衍生物在内的样本、数据和遗传序列信息，甚至是货币化分享获取“财产”所产生的惠益。双方观点对立非常尖锐，矛盾难以调和。
三、权利主体问题
以《公约》为代表的现有国际公法体系确定的国际公法主体是具有直接承受国际公法权利和义务能力的国际关系参与者，即国家。而BBNJ谈判涉及到的两个重要问题，即环境影响评价和划区保护工具问题，核心就是谁有权决定这些问题，谁是决定这些问题的主体和拥有决定权的权利来源等。近现代以来，一些霸权国家对国际秩序的践踏，国家间的信任度普遍降低，如果任由单一国家进行环境评价和圈定“公海保护区”，必将扰乱国际海洋生物资源利用和养护秩序，掀起新的“蓝色圈地运动”。
以美、日、俄为代表的海洋利用派依仗其强大的资金和海洋技术优势，主张主权国家对BBNJ各项制度的主导和控制，包括对决策、决定权和执行权的控制和主导，目的是减少对协定水域勘探开发活动的国际限制。以欧盟及众多国际组织为代表的环保派则主张建立独立的国际机构主导，控制这些制度的实施。发展中国家则持相对谨慎的态度，主张建立具有正负清单和设定阈值的国际公认的指南性“软制度”。立场的原则分歧反映的是政治利益的尖锐对立，利益矛盾是可以通过平衡和调和来解决的。环境影响评价和划区保护工具问题在预委会的最终建议性文件中没有得到根本解决，而这些问题又是协定中核心的、必须解决的问题。
预委会提交的“建议性文本草案”是以欧盟为代表的“务实推动派”、发展中国家为代表的“惠益分享派”和美俄日为代表的“资源利用派”之间斗争妥协的结果。但上述三大核心问题并没有解决，或是被有意回避。问题终究需要解决，世界需要听到中国声音。为此，笔者提出一些新的解决问题的思路。
一、将适用对象定位在深海生物
BBNJ协定的适用对象问题，是一个综合性法律问题，BBNJ协定的适用对象不应局限在生物学层面，而应重新在空间上、区域上予以考虑和明确。深海渔业可持续管理问题已在“1995年渔类种群协定”、《负责任渔业行为守则》、联大46/215号决议、《促进公海渔船遵守国际养护和管理措施的协定》等法律文件中作出安排。同时，联合国粮农组织、分区域国际渔业管理组织等已对公海海域实施了多年有效的管理。69/292号决议又捆绑住了解决BBNJ适用对象问题的手脚，那么，解决问题的关键就应定位在如何规避协定适用对象与传统渔业中关于生物资源的混淆，两者要作出明确切割，还要解决好如何处理现有国际渔业管理制度和渔业管理组织关系等诸多棘手问题，以利于谈判进程的有效推进。目前，就生物种群而言，只有国际海底区域的生物种群在《公约》框架下的管理上是空白。因此，BBNJ协定的适用范围是否可以明确为国际海底区域的生物种群呢？
在过去50年中，人类发现超过20000种生物活性物质，然而从深海获得的还很少，只占2%。但在这2%的生物活性物质中，有50%的具有抗癌特性。深海生物活性物质被认为是创制新型药物的希望所在，预计21世纪将形成一个新的产业增长点。将其界定为BBNJ的适用对象在科学上是可以解释的，如在空间上以真光层或通用的2000米以下来划分；在生物学上又是区别于大多数已认知鱼类的独特的生物种群；在获取方式上，由于在全球范围内技术能力、经济实力和效益动能等方面都相对羸弱，主要的获取活动大多是国家行为，区别于捕鱼，有利于对获取活动的管制；在法律层面上，由于时代局限性，《公约》没有对深海生物资源作出规定，这就为将这些资源从目前的“无主物”确定为“共有物”留下了法律空间。
基于此，将深海生物资源确定为BBNJ协定的适用对象在科学、获取、法律等方面都是可以接受的。明确适用对象也是理顺和讨论协定其他问题的基础。
二、明确物权性质，适用人类共同继承财产原则
明确了BBNJ协定的适用对象，为重新定位深海生物资源物权性质和将“人类共同继承财产”原则的适用范围调整扩大到“区域”范围内的国际海底的海洋生物资源打下了基础。而在上覆水体部分，包括其中的海洋生物仍然适用《公约》确定的“公海自由”原则。这种区分在生物学和地理空间上都是相对明确的，同时，又不与现有的国际渔业制度体系相冲突，填补了《公约》在深海生物资源方面的法律空白。如果在具体制度设计中再作出适当安排，这或许能为发达国家与发展中国家之间达成妥协提供可能性。
将深海生物资源从目前的“无主物”明确定位为“共有物”，是适用“人类共同继承财产”原则的法律基础，也是BBNJ协定与《公约》及公约下一系列国际法律文件协调一致的必然要求。当然，将之定位为全人类的“共有物”还需要国际社会作出政治决断。这也正是BBNJ协定谈判必须作出的选择和政府间大会应有的担当。
三、让渡主权权利，提升国际组织权威
BBNJ讨论的环评和公海保护区制度是当前国际认可度较高的全球海洋治理安排，是养护和可持续利用BBNJ的重要手段。这两项制度的启动权、决定权、执行权、监督权和终止权的归属是制度建设的核心问题。就传统国际公法法律制度而言，主权国家是治理主体。但是如果任由个别国家在公海上肆意划分保护区、无原则的放宽或收紧环评尺度，必将会扰乱现有国际海洋秩序、掀起新一轮“蓝色圈地运动”，甚至会引发激烈的海上冲突，给世界和平带来威胁。
当今国际法律制度的形成过程，实际上早已进化成各主权国家、国家集团和国际组织间通过提出议题、磋商谈判、形成案文、表决通过、签署、批准等程序性安排，最终达成具有约束力的国际规则的过程。
BBNJ的目标体现了国际社会和各主权国家的共同长远利益，不可避免地会与个别国家的现实利益发生冲突，如公海捕鱼。这就需要国家间的通力合作，需要主权国家从全人类经济社会的长远生存与永续发展着想，重视环境与资源的养护和可持续利用，将部分权能性质的主权让渡出来。欧盟等提出的建立独立的第三方国际机构作为相关制度的责任主体是现实可行的，也只有如此，才能解决BBNJ相关制度建设的关键问题，才能决定BBNJ目标的实现程度。
BBNJ国际协定的制定和实施将重构全球海洋利益格局，同时也给中国海洋生物资源产业的跨越发展带来机遇。我们要抓过住机遇，提出符合国家利益，推动海洋经济产业国际化发展的中国方案和中国声音。开展国际国内法律法规及相关配套制度研究；建立我国深海生物基因资源库，推动我国深海生物科技成果转移转化和产业化发展；结合“蛟龙探海”工程，做好全球海洋环境治理总体布局。在BBNJ这一全球治理的新领域，发挥与我综合国力相称的影响力，参与和引导国际规则的制定，主动谋划、长远布局，构建公平公正的国际海洋新秩序。
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