接地气：把森林微生物引入托儿所，或促进儿童健康 | 热心肠日报
今天是第1613期日报。
Science子刊：增加托儿所的自然微生物多样性，或能改善儿童免疫调控
Science Advances[IF:13.116]
① 纳入10个托儿所共75名儿童，4个进行28天的生物多样性干预（用森林地被物/草皮覆盖院子）、3个不干预（阴性对照）、3个每天带孩子去森林玩（阳性对照）；② 生物多样性干预增加了儿童的皮肤细菌多样性（尤其是变形菌），使其趋近于阳性对照组，而不干预组的变形菌多样性逐渐降低；③ 皮肤γ变形菌多样性增加与血液TGF-β1水平和调节性T细胞比例的升高相关；④ 干预增加了儿童血液中的IL-10（抗炎细胞因子）/IL-17A（促炎细胞因子）的比值。
Biodiversity intervention enhances immune regulation and health-associated commensal microbiota among daycare children
10-14, doi: 10.1126/sciadv.aba2578
【主编评语】生命早期是免疫系统发育的关键时期，在这一时期增加环境微生物的暴露，或能通过调节共生菌群来改善免疫功能。Science Advances最新发表了一项来自芬兰的干预性研究，表明旨在增加托儿所环境中的自然微生物多样性的干预措施，能改变儿童的皮肤和肠道菌群，并增强免疫调节功能，或许有助于降低城市儿童未来发生免疫相关疾病的风险。（@mildbreeze）
拟杆菌LPS的完整结构及其免疫调节作用
ACS Central Science[IF:12.685]
① 从普通拟杆菌中分离LPS，研究肠道共生菌分泌LPS的结构及其与哺乳动物细胞的免疫互作；② 拟杆菌来源的LPS具有一种特殊的化学结构组成，以低酰化和单磷酸化的脂质A为基础，含有呋喃半乳糖的核心寡糖及由甘露糖和鼠李糖形成的O抗原组成；③ 体外实验表明，拟杆菌来源的LPS可刺激外周血单核细胞来源的巨噬细胞、树突状细胞、骨髓单核细胞来源的巨噬细胞、HEK293等分泌炎性细胞因子；④ 拟杆菌来源的LPS还可激活MD2/TLR4-和TLR2介导的信号通路。
Pairing Bacteroides vulgatus LPS Structure with Its Immunomodulatory Effects on Human Cellular Models
07-30, doi: 10.1021/acscentsci.0c00791
【主编评语】ACS Central Science近期发表的文章，分离并鉴定出拟杆菌来源LPS的完整结构，并证明其具有刺激人体细胞产生炎性细胞因子和激活MD2/TLR-4、TLR-2介导的信号通路的免疫调节作用。（@爱的抉择）
Nature子刊：三代长读长宏基因组序列组装新方法metaFlye
Nature Methods[IF:30.822]
① 与碎片化短读长组装相比，长读长测序技术能大大改善了许多分离细菌基因组的组装；② 作者最近开发了一种快速的长读长基因组组装程序Flye，并证明它可以产生准确且连续的组装；③ 使用模拟细菌群落对metaFlye进行了基准测试，结果表明与最先进的长读长组装程序相比，它始终可以产生具有更好完整性和连续性的组装；④ 基于人类微生物组的长读长测序进行装配，可以发现编码生物医学上重要天然产物的全长生物合成基因簇。
metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs
10-05, doi: 10.1038/s41592-020-00971-x
【主编评语】长读长测序技术已大大改善了许多筛选的细菌基因组的组装。但最先进的长读长组装软件，仍然很难装配出复杂的宏基因组数据集。在这里，作者介绍了metaFlye，它解决了重要的长读长宏基因组组装难题，例如细菌组成不均和种内异质性，并表明它可以产生准确且连续的装配。作者使用各种模拟的和真实的细菌群落对其进行基准测试，证明了它比最新的长读长装软件Canu，FALCON，miniasm，OPERA-MS和wtdbg结果都更好。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
国内团队：肠道菌群与内脏脂肪的密切关系
Computational and Structural Biotechnology Journal[IF:6.018]
① 纳入32名肥胖患者，其中14名接受腹腔镜袖胃切除术（LSG），以及30名健康对照，研究肠道微生物组与内脏脂肪之间的关系；② 在肥胖参数中，腹部内脏脂肪区（VFA）与肥胖和健康人中差异性菌种以及肥胖相关微生物途径的相关性最高；③ 鉴定出多种与VFA负相关的细菌，其中挑剔真杆菌的相关性最强；④ 两种梭菌（C. hathewayi和C. citroniae）在LSG后增加；⑤ 参与与碳水化合物发酵和L-谷氨酸/谷氨酰胺生物合成的微生物途径，或促进内脏脂肪积累。
A metagenome-wide association study of gut microbiome and visceral fat accumulation
09-20, doi: 10.1016/j.csbj.2020.09.026
【主编评语】上海交通大学附属第六人民医院包玉倩、Haoyong Yu与团队，近期在Computational and Structural Biotechnology Journal发表研究，通过宏基因组关联研究，揭示了多种肥胖参数与肠道菌群组成和功能的关系，其中内脏脂肪与菌群的关联最强。（@mildbreeze）
中山大学：间歇性禁食改善代谢综合征的心血管风险因素和肠道菌群
Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism[IF:5.399]
① 招募39名代谢综合征（MS）患者，随机分成间歇性禁食组（IF）和对照组，IF组在禁食日要比不禁食日减少69%的热量摄入；② 8周后，IF组显著降低脂肪含量，改善氧化应激，调控炎症细胞因子，改善血管舒张参数，不影响血脂、葡萄糖代谢或血压；③ IF诱导肠道微生物群落发生显著变化，增加短链脂肪酸（SCFA）的产生，降低循环性脂多糖的水平；④ IF组的肠道菌群改变与心血管风险因素显著相关，并导致肠道菌群的碳水化合物代谢途径发生明显变化。
Intermittent Fasting Improves Cardiometabolic Risk Factors and Alters Gut Microbiota in Metabolic Syndrome Patients
10-06, doi: 10.1210/clinem/dgaa644
【主编评语】中山大学夏敏团队在Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism上发表文章，揭示出间歇性禁食一定程度上引起代谢综合征患者肠道微生物群落和功能途径的显著改变，这与心脏代谢风险因素的缓解密切相关。研究或为预防代谢综合征相关的不良后果提供了潜在机制。（@爱的抉择）
中科院海洋所：海参的肠道再生速率与肠道菌群有何关系？
Genomics[IF:6.205]
① 肠道再生快和慢的海参，其肠道微生物群落存在差异，再生快的海参肠道微生物量较低；② 构建无菌海参模型，发现耗竭肠道菌群导致肠道再生过程中的潜在基石物种（黄杆菌科和红细菌科）的丰度升高，促进了海参的肠道再生速率；③ 黄杆菌科细菌丰度的增加促进了与碳水化合物利用相关的基因富集，而红细菌科富集的基因则与聚羟基丁酸酯的产生有关；④ 微生物的数量和群落结构（尤其是某些有益菌）或是调节海参肠道再生的关键因素。
Quantitative microbiome profiling links microbial community variation to the intestine regeneration rate of the sea cucumber Apostichopus japonicus
09-09, doi: 10.1016/j.ygeno.2020.09.017
【主编评语】中国科学院海洋研究所孙丽娜团队近期Genomics发表研究，揭示了与海参肠道再生相关的肠道菌群因素。（@mildbreeze）
国内团队：富硒食用农产品的效益-风险评估
Journal of Hazardous Materials[IF:9.038]
① 对中国10个地区的普通和富硒食用农产品中的硒及相关金属含量进行检测；② 富硒农产品的硒检出率和硒含量均高于普通农产品；③ 二者相关金属的检出率一致，但富硒的大米、面粉、食用菌藻、肉和茶的含量更高；④ 增加富硒农产品的摄入可使所有人群的实际硒摄入量达到各自的日推荐摄入量；⑤ 18岁以下人群的铬摄入量超过暂定每日耐受摄入量（PTDI），而砷和镉摄入量接近PTDI；⑥ 日常膳食中硒、铬、砷和镉的主要来源分别是肉、食用菌藻、大米、大米。
Benefit–risk assessment of dietary selenium and its associated metals intake in China (2017-2019): Is current selenium-rich agro-food safe enough?
06-17, doi: 10.1016/j.jhazmat.2020.123224
【主编评语】硒是人体必需的微量元素。通过膳食富硒食用农产品是当前预防硒缺乏症的有效途径，但过量摄入硒会造成硒中毒等多种潜在的安全风险。我国是硒资源大国，富硒食用农产品分布广、品种多、产量大，因此对相关产品的精准追踪和风险评估，对居民膳食营养和产业发展具有极其重要的指导意义。来自浙江大学馥莉食品研究院的陆柏益团队和江苏省农业科学院农产品质量安全与营养研究所刘贤金团队发表在Journal of Hazardous Materials上的一项研究，通过大数据精准测量了我国10个地区2756份普通和4894份富硒食用农产品样品中的硒及其相关金属的含量情况，并通过效益-风险评估实验对不同人群相关金属的摄入量进行了评估。该研究进一步支持了通过摄入富硒食用农产品能有效补充硒，但也强调了富硒食用农产品伴生相关金属的潜在风险，特别是重金属铬。（@EADGBE）
改善IBS腹痛的潜在新疗法
Gut[IF:19.819]
① 消退素（RvD1、RvD2和RvE1）在非止痛剂量下，能抑制背根神经节神经元中由组胺诱导的辣椒素受体TRPV1的敏化；② 其中，RvD2能逆转组胺和IBS患者直肠组织培养上清液引起的TRPV1敏化；③ 该作用由G蛋白受体18（GPR18）和Gαi信号介导，GPR18拮抗剂O-1918和百日咳毒素可抑制消退素的作用；④ RvD2降低了辣椒素诱导的IBS患者直肠黏膜下神经元的钙离子反应；⑤ 在内脏高敏感性的小鼠和大鼠模型中，RvD2治疗使对大肠扩张的疼痛反应恢复正常。
Effect of resolvins on sensitisation of TRPV1 and visceral hypersensitivity in IBS
10-06, doi: 10.1136/gutjnl-2020-321530
【主编评语】肠易激综合征（IBS）的一大特征是内脏高敏感性，这与辣椒素受体TRPV1的高表达和敏化有关。消退素是内源性的抗炎脂质介质，能通过调节TRPV1的活化来发挥镇痛作用。Gut近期发表的一项研究表明，消退素（特别是RvD2）可能通过作用于GPR18，来改善由TRPV1敏化引起的内脏高敏感性，为治疗IBS的腹痛症状提供了新思路。（@mildbreeze）
炎症性肠病缓解期患者中肠易激综合征的患病率
Lancet Gastroenterology & Hepatology[IF:14.789]
① 纳入3169名炎症性肠病（IBD）缓解期患者，肠易激综合征（IBS）类型的症状的比例是32.5%；② IBD患者的IBS症状患病率因病情缓解的定义而不同，内窥镜评估或组织学评估的方法其IBS患病率低于临床疾病活动指数；③ 即使采用严格的标准，如内窥镜或组织学确定病情缓解，也有1/4的患者报告了IBS症状；④ 克罗恩病的IBS患病率高于溃疡性结肠炎；⑤ 有IBS症状的患者焦虑和抑郁得分显著高于无症状者，解决心理健康问题或可改善这一特定患者群体的状况。
Prevalence of irritable bowel syndrome-type symptoms in patients with inflammatory bowel disease in remission: a systematic review and meta-analysis
10-01, doi: 10.1016/S2468-1253(20)30300-9
【主编评语】炎症性肠病（IBD）患者经常报告有肠易激综合征（IBS）症状。Lancet Gastroenterology & Hepatology近期发表的文章，对IBD缓解期患者的IBS类型症状的患病率进行系统回顾和荟萃分析，发现IBS的患病率因病情缓解的定义不同而不同，但仍普遍存在于IBD患者。（@爱的抉择）
感谢本期日报的创作者：mildbreeze，Unbroken，刘永鑫-中科院-宏基因组，EADGBE，爱的抉择
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